Náklady – zahrnující zejména odměnu a hotové výdaje insolvenčního správce – by se měly pokrýt z majetkové podstaty, tj. měly by jít za dlužníkem. Dalšími druhy nákladů jsou náklady na správu majetkové podstaty (pojištění, daň z nemovitosti, energie dodávané do spravované nemovitosti, tzv. fond oprav, atp.), prodej majetkové podstaty (daň z přidané hodnoty, je-li dlužník jejím plátcem, odměna a náklady dražebníka, odměna a náklady realitní kanceláře, kolky, atp.), náklady spojené s účetnictvím, právním zastoupení či archivací atd.
Jelikož majetková podstata k pokrytí nákladů vždy nestačí, insolvenční soud může před rozhodnutím o insolvenčním návrhu uložit insolvenčnímu navrhovateli, aby ve stanovené lhůtě zaplatil zálohu na náklady insolvenčního řízení, je-li to nutné ke krytí nákladů řízení a prostředky k tomu nelze zajistit jinak; to platí i tehdy, je-li zřejmé, že dlužník nemá žádný majetek. Zákon stanoví horní hranici možné výše zálohy. Je-li insolvenčních navrhovatelů více, jsou povinni zaplatit zálohu společně a nerozdílně.
Nestačí-li k uhrazení nákladů majetková podstata, hradí se zbývající část ze zálohy na náklady insolvenčního řízení, tj. na účet navrhovatele.
Nestačí-li k uhrazení nákladů ani záloha, náklady zaplatí stát. Zvláštní právní předpis stanoví horní hranici výše nákladů, které stát hradí.